Spartanは大きな分子が苦手?？
プロテインデータバンクからダウンロードしたような巨大分子をSpartanで表示させようとしたら、一応構造は出るものの遅くて回転などの作業がとってもつらい。Chem3Dの方がずっと速い感じがする。
まあこれはスパルタンが小さい分子の精密な計算に主眼を置いているためであろう。
他のソースから得たPDBファイルをSpartan04で読み込むと結合情報が消えてしまうことが時々ある。結合情報が全て消えてしまうことさえある。たとえばChem3Dで作ったファイルをSpartanにPDB形式で移すとベンゼン環などの二重結合の部分が全て単結合になってしまった。従って、そのまま構造を最適化するとシクロヘキサンになってしまう。
エディターで見てもつなぐ原子を見つけるのは至難の業。PDBにもいくつかの様式があるようだ。最終的には、画面上の原子の点と構造をにらめっこして一つづつ結んで結合を作るのがもっとも確実か?？