Chem３DのデータをSpartan04で扱うときの工夫

　Chem3Dはいわずと知れたChemOfficeの分子モデリング。Spartanでの分子構築もやさしいが、複雑な分子を組む場合、ChemDrawで（きちんと立体化学まで）描いて、Chem3Dにコピー＆ペーストするのが簡単。でも、これをSpartanに移すのはちょっと工夫が必要であった。

　先にも書いたようにPDB形式では多重結合の情報がなくなってしまう。分子軌道法は原子の座標しか必要としないけど、SpartanではイジワルにもMOPAC形式が読めない。（もともと結合は人間が分子を見やすくするために置いたもの。どんな顕微鏡で見ても、結合線を見ることは出来ない。赤道と一緒ですね。ひょっこりひょうたん島を思い出すのはおじさんの証拠?）
　いろいろやってみたところSYBYL２形式がトラブルの少ないように感じている。ただし、Chem3Dでは拡張子がsm2であるのに対しSpartan04ではmol2であるので途中で拡張子の書き換えが必要である。
　
　分子モデリングの形式を変えるのにBabelという変換プログラムがあるらしいけど、挑戦しては断念し続けている。Babelの説明(日本語）は以下で見られます。
　　http://www.scl.kyoto-u.ac.jp/scl/appli/babel.html

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